Il luogo dove sorgono la chiesa e l'altare di santo Stefano fu frequentato da epoche antichissime, rimangono infatti numerose tracce di età preistorica e di età fenicio-punica. A quest'ultimo periodo risale probabilmente la testa femminile che attualmente si trova inserita nella facciata della chiesa e che rappresenta probabilmente la dea fenicia Astarte. La chiesa fu costruita nel XVI secolo, ma quasi certamente essa sorge su una precedente chiesa bizantina. Al periodo bizantino (VI-IX secolo) risale anche l'altare rupestre, un monumento unico nel suo genere e per certi versi ancora misterioso. E' possibile che esso sia stato utilizzato anche in età precristiana e che successivamente sia stato riadattato parallelamente alla diffusione della religione cristiana, per venire incontro alle nuove esigenze dei fedeli. A questo periodo risalgono le numerose nicchie, di varie forme, triangolari, circolari e semiellissoidali, che venivano utilizzate probabilmente per deporre offerte